En su libro Historia de la conquista de América: Evangelización y violencia Luis Rivera Pagán nos describe cómo este libro se concibió en medio de los intensos debates sobre el quinto centenario del "descubrimiento de América". Esos debates estimularon y fertilizaron la investigación histórica sobre los pueblos americanos. También propició la publicación de grandes textos relativos al descubrimiento y la conquista, algunos inéditos durante varios siglos. El libro se divide en tres partes. La primera -Descubrimiento, conquista y evangelización- relata los hechos desde una perspectiva crítica, ante la cual se desvela el vínculo íntimo entre el descubrimiento y la conquista, como una toma de posesión de tierras y personas, legitimada por conceptos, imágenes y símbolos religiosos. La segunda -Libertad y servidumbre en la conquista de América- analiza los elementos centrales de la gran porfía teórica de la conquista: la licitud de la abrogación de la autonomía de los pueblos aborígenes y los sistemas de trabajo forzoso -esclavitud y encomienda- que se les impuso, tanto a ellos como a las comunidades africanas que se importaban en gran número, como seres desprovistos de libertad política y autonomía personal. La tercera -Hacia una crítica teológica de la conquista- intenta desarrollar justamente lo que su título sugiere: una evaluación no panegírica de la conquista a la luz de los conceptos, imágenes y símbolos evangélicos que ella misma enarboló como su paradigma de legitimidad.